主体建筑长144米，宽65米，高24米，主体三层、局部五层，采用主体二层以下集中布局、3层分散布局的独特方式。该建筑可以说是"新乡土主义"建筑风格的最典型代表。其平面呈简洁的长方形集中式布置，建筑下半段只是一个简单的长方形，在上半段开裂为类似山体的形状。两层以上，建筑突显开裂状，微微倾斜，演绎成抽象的山体，这种形体的变化使建筑整体成向南滑动的独有态势，宛如行进中之巨舟，耐人寻味。人们从中部一个扁平的，跨度30m的穿洞进入博物馆。在建筑内部，两层以上高低起伏的公共活动平台，从建筑整体窿起出五个单体，各具状态，形神兼备，内观整个结构，包括三道有大阶梯的山谷，两道在室内，一道在室外；四个洞，分布在入口、门厅和室外山谷的峭壁边侧；四个坑状院落，两个在中心，两个在幽深之处。一种山体类型学叠加在上面，公共空间永远是多路径的，它从地面开始，向上分叉，形成一种根茎状的迷宫结构。也用来适应一直不确定的展览内容。观照整个空间，虚实相间，似又成传统街区的格局与尺度；同时水域向北环绕建筑外围，使建筑环境具有江南水乡田园般诗情画意。