指云寺位于丽江古城西18公里拉市秣度山中，三面环山，峰峦迤俪凝翠，一面东向敞开，潋潋碧透的高原湖泊“拉市海”，槽船游弋，水鸟舒翅，波光闪烁，清气袭人。东北天际玉龙雪山半遮半现，晶莹剔透。

    寺始建于清代雍正年间（1728），光绪六年（1880）重修。为丽江五大喇嘛寺首刹，文峰寺等属其子孙，丛林庙宇。相传建寺的时候，苦于找不到合适的地址，恰巧西藏的一位高僧经过丽江，变请高僧指点，高僧巡视四方，举起手中的禅杖指着西边的一片彩云，于是，从此，就在那片彩云之下建起了宝刹。所以名为指云寺。

    指云寺坐西向东，二进院。有山门、佛殿、配殿、僧堂、厨库、浴室、西静。佛殿平面呈长方形，阔五间，三重檐楼阁式建筑，正中为四方形钻尖顶阁。底层为法堂，上两曾为藏经楼。六根高12米的通天京柱高耸其间，东南西北十二角雕龙画凤飞檐欲博九天。内外檐装修皆精工镂雕、彩绘。台基高达2.8米。殿宇巍峨、富丽、气势非凡。

    寺周围高低错落原建有13坐禅院，现只存5院。内植奇花异卉，国家颁布的云南古树名木中，仅指云寺就有5株：岩桑、银杏、槐、胭脂梅与云南樱花。其中岩桑系从西域引植，高19米，胸径1.24米，树龄260年，属珍惜植物。

    近年又于寺后南侧坡头，发现奇石，刻满了梵文、藏文，经僧人识辩，内容可读的有：观音大悲咒，吉祥咒和金刚亥母咒等。整块石头有数条上下贯穿似的人工痕迹的拼接缝。村民为烧石灰用铁具沿缝撬开一角，露出缝内经文。给它披上了一层十分神秘的色彩，深深吸引往来的游客前往探奇，揭开谜底尚待时日。