土壤应每年进行一次消毒，以保证没有病原菌。目前，蒸汽处理或化学药剂消毒是比较有效的土壤消毒方法。

　　蒸汽消毒

　　一般情况下，低压蒸汽消毒比高压蒸汽消毒的效果好。除了腐霉菌较难控制外，该法可解决大部分土壤病菌问题,这意味着用化学药剂进行补充消毒是必须的。对pH值低的土壤，蒸汽消毒会引起锰的过量积累，应用石灰提高pH值。采用蒸汽消毒时，25厘米至30厘米深的土壤温度应为70℃至80℃，至少保持l小时。

　　化学药剂消毒

　　当土温达到10℃至12℃时，用塑料薄膜覆盖土壤，化学药剂消毒的效果较好。7至10天(夏天3天)后，揭开塑料薄膜。

　　种植者需要注意的是，由于腐霉菌再生很快，一年一次的常规消毒一般是不够的，这意味着每茬作物之前还应施用土壤消毒剂。

　　所有使用的药剂在表土10厘米至15厘米深的土壤内必须混匀。为使药品分布均匀，粉状的杀菌剂与沙子混合，再人工撒在苗床上；或与温水混合，用广角喷头喷洒，再使用翻土机彻底与土壤混合。对于结构容易被破坏的土壤类型，建议先人工撒药，再用翻土机与土壤混合。