1、工程量计算规则有不同。比如土方工程挖基础土方：清单是按图标尺寸净量计算（不包括放坡及工作面开挖量），定额是按实际开挖量计量（包括放坡及工作面开挖量）。
　　2、清单计价以“清单项目”作为“基本单位”计算工程造价，清单项目组合了特定工作内容的消耗量子目。清单项目有点类似于以前96的综合定额，但综合定额内的子目及综合系数相对固定，而清单项目则由投标人自行组合消耗量定额。
　　3、对于“组织措施费”，清单计价将它作为一组“措施清单项”，在套价库窗口计列。定额计价在取费表里作为一项费用计取。
　　4、输出表格要求不同。清单计价以“清单项目”为计算单位，列出“工程量清单报价表”，“清单项综合单价分析表”，“总价表”等；定额计价以定额子目为计算单位，列出“工  程预算表”，“造价取费表”等。
　　5、安全文明施工费、价差的计费基数不同。上级行业管理费的计算费率不同。