生物多样性公约的最高权力机构是缔约方大会（COP），它由批准公约的各国政府（含地区经济一体化组织）组成，这个机构检查公约的进展，为成员国确定新的优先保护重点，制定工作计划。COP也可以修订公约，建立顾问专家组，检查成员国递交的进展报告并与其它组织和公约开展合作。

　　COP可以从公约建立的其它机构获得专业知识和支持，如：

　　科学、技术和工艺咨询附属机构(SBSTTA)  SBSTTA是由来自成员国相关领域的专家组成，它在向COP提供科学和技术问题建议方面起着关键作用。

　　资料交换所机制 是基于因特网的促进科技合作和信息的网络。

　　秘书处 设在加拿大的蒙特利尔，与联合国环境署紧密联系，主要职能是组织会议、起草文献、协助成员国履行工作计划、与其它国际组织合作，收集和提供信息。此外，COP在其认为适当时可成立专门委员会或机制，COP于1996至1999年间成立了生物安全工作组，并成立了土著知识和地方社区工作组。

　　全球环境基金（Global Environment Facility） 发展中国家在开展与公约有关活动时可以从公约的财务机制中获得资助，如GEF。由联合国环境规划署（UNEP）、联合国开发计划署（UNDP）和世界银行支持的GEF项目在四个对全球环境具有重大作用的领域促进国际合作并提供资助：生物多样性的丧失、气候改变、臭氧层耗竭和国际水资源的衰竭。到1999年末，GEF为120个国家的生物多样性项目提供了近10亿美元的资助。