百合线虫病病原大致分为芽和叶线虫及根蚀线虫。芽和叶线虫主要危害东方百合，使植株顶端发生枯梢，叶片由正常绿色逐渐变成黄色斑块而褪色，最后呈暗褐色坏死。线虫主要生活在鳞茎上，受线虫侵害的鳞茎可产生“瞎”芽，这种芽不能形成花蕾。根蚀线虫主要危害百合叶片，受害植株叶片提前发黄，并严重矮化，根部出现许多死斑和伤口。生长季末期，根蚀线虫危害的鳞茎，如果受腐生性真菌的危害，就会造成根系全毁。防治方法是在种植前几天，将百合鳞茎在50℃温水中浸30分钟或在43℃温水中加入0.5％的福尔马林浸3至4小时。处理时应认真控制温度，若温度过低，则达不到处理效果；温度过高，在发芽之后叶尖会发焦变褐。发现病叶、病蕾和病花，应及时摘除并集中烧毁。应定期用杀线酯或西维因等药剂喷洒植株。采取轮作至少隔2年。