鸟类资源约202种。其中，国家重点保护的20种，省重点保护的60多种，两栖爬行类野生动物11种，兽类22种。主要分布于湿地资源较多的民权、睢县、梁园区、睢阳区、虞城县。湿地面积1万公顷，以黄河故道为主。

　　2005年全市林木覆盖率提高到25%；城市绿化覆盖率达到30%，其中商丘市市区城市绿化覆盖率达到35%，绿地率达到30%，人均绿地面积达到8平方米。自然保护区个数由"九五"末的空白增加到2005年的2个，自然保护区面积从无到有，"十五"末达到96平方公里，占国土面积的1%。