位于锦绣湖畔的自然馆就是一座巨大的植物温室，主要展示世界上不同地域、不同气候带的珍稀植物及生态景观。自然馆建筑本身半埋地下，立面材料选用玻璃、木材与少量混凝土结合，保证整个馆内有充足的光照。自然馆倚山而建，层层叠叠，与地形完美结合，从高度上、视觉上弱化了建筑的体量，保证在建筑内部也可以从不同角度领略锦绣湖面和更远处各个展园的美景。

　　自然馆内的植物呈多层分布，上层喜光下层喜光半阴，有小乔木，也有灌木。这种分层设计叫做“生态位”，能使馆内植物各取所需，减少植物死亡率。自然馆里不仅有各种珍奇的花草树木，还有仙人掌成林的沙漠景观，按照仿生学制造的大型昆虫模型，以及各种色彩鲜艳、形状各异的蝴蝶和甲虫标本。