根据《甘肃省加快转型发展建设国家生态安全屏障综合试验区总体方案》，甘肃省进一步将试验区细分为河西内陆地区、中部沿黄河地区、甘南高原地区、南部秦巴山地区、陇东陇中黄土高原地区等5大区域，并提出到2020年基本建立生态保护建设和补偿机制。

　　这5大区域，是甘肃省依据自身发展的战略定位及全国和全省主体功能规划而对试验区做出划分的。到2020年，各类生态系统将得到有效保护，生态环境质量得到明显改善。

　　河西内陆地区是我国“两屏三带”青藏高原生态屏障和北方防沙带的关键区域，也是西北草原荒漠化防治区的核心区，将以水源涵养、湿地保护、荒漠化防治为重点。中部沿黄河地区是全国“两横三纵”城市化战略格局路桥通道的重要支点，将以水土流失防治和流域综合治理为重点。甘南高原地区是我国青藏高原东端最大的高原湿地和黄河上游重要水源补给区，将以水源涵养、草原治理、河湖和湿地保护为重点。南部秦巴山地区是甘肃最大的天然林区和长江上游水源涵养区，将以保护生物多样性，涵养水源为重点。陇东陇中黄土高原地区位于泾河、渭河上游，将以水土保持和流域综合治理为重点。