外城西南角和东南角各保存有一所寺院。西南角寺院由大门、庭院、讲经堂、藏经楼、大殿、僧房等组成。从建筑特征和残存壁画上的联珠纹图案分析，其建筑年代约在公元六世纪。寺院附近还残存一些“坊”、“市”遗址，可能是小手工业者的作坊和商业市场。东南角寺院，保存有一座多边形的塔和一个礼拜窟（支提窟），是城内唯一保存有较好壁画的地方。从壁画的风格和塔的造型分析，为回鹘高昌后期（公元12-13世纪）的建筑。

　　内城北部正中有一平面不规则略呈正方形的小堡垒，当地叫“可汗堡”。建筑规模虽不大，但与交河故城现存唐代最豪华的一所官署衙门建筑形式相同，此处曾出土过一方“北凉承平三年(445)沮渠安周造寺功德碑”。沮渠安周是在高昌建立流亡政权的北凉王，据该碑推断，此堡可能是一处宫殿遗址。

　　高昌城北面原是一片茫茫戈壁，居民死后大都葬在这里。整个墓群从城东北一直延伸到城西北，东西长约五公里，南北宽两公里，占地十平方公里左右。本世纪初以来，在这里发掘清理墓葬五百多座，出土文书、丝毛棉麻织物、墓志、钱币、泥塑木雕俑、陶木器皿、绘画、农作物、瓜果食品等各种历史文物，数以万计。

　　高昌故城自公元前一世纪建高昌壁，到十三世纪废弃，使用了一千三百多年。始建时间距今已有两千多年了。它是吐鲁番地区千年沧桑的见证。