克孜尔石窟的洞窟形制大致有两种：一种为僧房，是供僧徒居住坐禅的场所；另一种为佛殿，是供佛徒礼拜和讲经说法的地方。佛殿又分为窟室高大、窟门洞开、正壁塑立佛的大佛窟和主室作长方形、内设塔柱的中心柱窟，还有部分是窟室较为规则的方形窟。不同形制的洞窟用途不同。这些不同形制和不同用途的洞窟有规则的修建在一起，组合成一个单元。从配列的情况看，每个单元可能就是一座佛寺。

石窟壁画

　　克孜尔石窟壁画，不仅包括飞天、伎乐天、佛塔、菩萨、罗汉、天龙八部、佛本生故事、佛传故事、经变图画，而且还有大量的民间习俗画：古时的生产和生活场面、西域山水、供养人、飞禽走兽等等。既受到了汉文化的影响，也有对外来文化艺术有选择地巧妙接受，更是古龟兹画师非凡的智慧。