同时，专家们就保护林管理方法提出建议，建议重建管理体制，希望森林管理局在进行保护林划定及管理时，一方面要整合各种复杂的委员会；另一方面要以所有的保护林为对象，成立由自然环境专家及地区相关人士组成的委员会，广泛听取意见，重新建立管理体制；希望森林管理局按照世界自然保护联盟（IUCN）确定的保护地种类划分保护林，并加入世界保护区数据库（WDPA）；希望在重新认识监测方法的同时，推进监测成果共享；培养专业职员；提高公众意识。

　　新的保护林制度将保护林从原来的7类改为3类：森林生态系统保护区、生物群落保护林、珍稀物种群保护林。按照以前保护林制度划分的7种保护林，在今后数年间将进行重新划分。3种新的保护林类型的管理目标如下：

　　森林生态系统保护区：通过保护和管理代表日本气候带或森林带的原生天然林，维持由森林系统组成的自然环境，保护野生生物和遗传资源，开发森林作业和管理技术，开展学术研究等。

　　生物群落保护林：通过保护和管理具有地区固有的生物集群的森林，维持由森林系统组成的自然环境，保护野生生物和遗传资源，开发森林作业和管理技术，开展学术研究等。

　　珍稀物种群保护林：通过保护和管理稀有野生生物繁殖和栖息所必需的森林，提高该野生生物种群的可持续性，保护野生生物和遗传资源，开展学术研究等。