由于地处海边，底层架空设计有益于潮气的散发和对流。建筑的全系统低能耗设计以及屋面雨水和生活污水的全收集使它成为名副其实的生态建筑。万科中心的地面景观设计中大量采用地面渗水设计，以收集雨水。整个景观中的花园种植物种绝大部分采用耐旱和低维护的物种，花园的灌溉也全部利用雨水和中水，这样就减少了对自来水的消耗和依赖。万科中心花园中设计的人工湿地实现了对污水的净化。

　　由于万科中心表达出对自然和人文的高度尊重，万科中心获得美国绿色建筑先锋奖（LEED）铂金认证。