建立自然保护区开展就地保护是保护生物多样性最根本、最有效的措施和手段。

    2003年以来，云南省自然保护区建设和湿地管理工作有新突破，一是编制完成全省两大规划。在全国率先编制完成《云南省生物多样性保护工程规划》，在全省首次完成《云南省湿地保护工程规划》，2项规划均于2007年底得到省政府批准。二是保护区由数量型向质量型转变。三年来5个省级保护区晋升为国家级自然保护区，新增省级自然保护区2处。截至2007年12月，云南省16个国家级自然保护区林业部门管理的有13处，面积131.67万公顷。省级自然保护区37处，面积74.7万公顷。国家级和省级保护区面积占全省国土面积的5%。这些保护区中有2处“人与生物圈保护区”，4处“国际重要湿地”，5处在“三江并流”世界遗产地范围内。实施了国家级自然保护区基础设施建设项目20个，争取国家投资1.17亿元。自然保护区实现了从抢救性保护阶段向规范管理过渡，西双版纳、高黎贡山和白马雪山3个国家级保护区已列为国家林业局示范保护区建设试点范围。三是积极推进自然保护区规范科学管理。云南省进一步加强科学考察和总体规划工作，为保护区提供规范管理依据，共组织完成5个国家级保护区科学考察，3个国家级保护区补充调查，编制和修编11个国家级保护区总体规划。完成12个省级保护区综合科学考察，14个省级保护区总体规划，建立起保护区监测体系。加强了管理人员培训，共举办培训班41期，培训1100多人次。四是创新决策机制，妥善处理工程建设与保护的矛盾。建立“生物多样性影响评价”和“专家咨询评审”制度，积极协调不同利益主体之间的关系。在全国首次推出《自然保护区生物多样性影响评价技术规范》得到国家林业局肯定，在全国参照执行。妥善处理了公路、铁路，以及国家重大水电、交通建设工程涉及自然保护区的矛盾，最大限度减少生物多样性损失，保护了生态景观。五是开拓创新，探索生物多样保护新模式。积极参与和组织滇西北生物多样性保护会议，在《云南省人民政府在关于加强滇西北生物多样性保护的若干意见》中，确立林业部门在滇西北生物多样性保护工作中的实施主体地位。开展国家公园建设试点工作。国家林业局已批准将云南省列为国家公园建设试点省。六是湿地保护管理有了新突破。2004年，组织申报大山包、碧塔海、纳帕海、拉市海为国际重要湿地，使云南成为我国国际重要湿地最多的省份。2006年，林业部门管理的6个高原湿地保护区保护建设项目获得国家批准，已投资2354万元。2007年，红河哈尼梯田被国家林业局批准为国家湿地公园。