随着历史的变迁，城市化进展的加速，历史文化名城的保护与建设成了一对不可避免的矛盾，而为协调两者的矛盾，新的南京总体规划修编在“保护”的法律层次和严格等级上，出台了三个级别的分级控制体系：指定保护、登录保护、规划控制。

　　划定三大“历史城区”

　　南京历史遗存丰富，但人们从城市的表象中却很难一下感受到“历史的厚度”。这是名城保护的一个尴尬。原因是越来越多的高楼大厦遮蔽、“冲淡”了历史风貌区。为此，南京总规首次划出三片大的历史城区：城南、明故宫、鼓楼-清凉山，这3个片区内禁建高层。

　　南京市规划设计研究院有限责任公司教授级高工童本勤说，这三大片区面积均超过6平方公里，区域新增建筑高度拟控制在24米以下，且严格控制新、改、扩建项目，从更大空间范围内保护古都的背景机理。其中城南历史片区东、西至护城河，南至纬七路，建筑高度整体控制在18米以下，长虹路以南的近城墙区域，建筑控高12米，且严格控制大流量、大尺度道路。明故宫御道街道路两侧外40米范围内及明御河围合范围内，控高18米。鼓楼—清凉山历史城区，保护大学、大院和颐和路历史街区，新建和改建项目要与民国建筑和山水环境相协调。

　　除了三大“历史城区”保护外，还确定了10大片文化街区、文物古迹、非物质文化遗产的保护规划。

　　出台三个保护控制方式

　　南京现代服务业尚在老城，老城改造难免碰掉历史的“坛坛罐罐”。新的总规草案显示，南京在历史文化名城“保护”的制度体系上，出台了三个保护控制方式。分别是：指定保护、登录保护、规划控制。

　　所谓“指定保护”即对文物保护单位、历史文化街区、历史文化名镇、历史文化名村进行指定保护。对指定保护的对象强调维护其“真实性”和“完整性”严格按照相关法律法规进行“刚性”保护。南京500多处市、县以上文物建筑，以及颐和路、梅园新村等10片历史街区，属于指定保护范围。

　　“登录保护”更加强调的是“弹性保护”，南京近500处民国建筑和13片历史风貌区即属于这一类保护范围，指法律法规没有明确规定，但对于南京又有重要意义的历史文化资源，将列入南京历史文化资源保护名录，进行登录保护。

　　至于“规划控制”保护，是指那些未能达到指定保护和登录保护标准的其他历史文化资源，作为规划控制对象，由规划行政主管部门纳入规划管理信息系统进行控制，结合城市更新改造，以各种手段进行展示和利用，不得随意灭失。通过各种城市设计和建筑手法保护和延续其历史价值和特色。